학점은행제를 이용하기 위해서는 일반적으로 다음의 절차를 거치게 됩니다.

1) 희망학위과정 및 전공 결정 (학습자등록) →
2) 보유학점을 바탕으로 인정학점 및 학위요건 충족을 위한 필요학점 확인
   (학습설계 상담 혹은 학점인정신청) →
3) 학습자의 상황에 알맞게 필요학점 취득 →
4) 취득학점에 대한 학점인정신청 →
5) 학위요건 충족 시 학위신청 → 학위취득

이 때, 학습자등록 및 학점인정신청 등의 학위수여까지의 행정적인 신청절차(학습자등록, 학점인정신청, 학위신청)는 국가평생교육진흥원으로 하고, 학점취득과 관련한 사항은 각 학점 취득원 별 주관기관으로 하게 됩니다. 예를 들어, 교과목 이수 시 수강신청은 이수하게 될 교육훈련기관 혹은 대학의 일정에 따라 진행하고, 자격증 취득 시 자격증 시험 접수, 자격 발급 등의 절차 모두 자격 주관기관으로 하는 것입니다.